Botulinumtoxin A wird in einer sehr geringen Menge, die für den Gesamtorganismus nicht giftig ist, mittels einer sehr dünnen Nadel ganz oberflächlich in die Haut gespritzt. In der Regel werden 10-15 Quaddeln pro Achselhöhle gesetzt. Die Achseln sind daher vorher zu rasieren. Der Schmerz, der beim Quaddeln entsteht, ist mit dem eines Mückenstiches vergleichbar. Die Behandlung kann ambulant durchgeführt werden. Ihre Fahrtauglichkeit und Arbeitsfähigkeit wird normalerweise nicht beeinträchtigt.

Bei Injektionen von Botulinumtoxin A in die Achselhöhle werden in der Regel keine Nebenwirkungen beobachtet. Bei Injektionen in andere Körperregionen können in Einzelfällen Nebenwirkungen auftreten, die vorübergehend sind: Leichtes Unwohlsein, Müdigkeit und Gliederschmerzen, Hautausschlag und Juckreiz, allergische Reaktionen, Mund-, Schleimhaut- und Augentrockenheit, Pigmentverschiebungen der Haut. Wird versehentlich oder gewollt in einen Muskel gespritzt, so hemmt es dort ebenfalls die Nervenimpulse, so dass der betroffene Muskel je nach verwendeter Menge nicht mehr vollständig angespannt werden kann.

Bei Muskelverspannungen ist dies ein erwünschter Effekt, bei unverkrampften Muskeln dagegen eine Nebenwirkung. Sie kann insbesondere nach einer Behandlung an der Handinnenfläche auftreten und zu einer vorübergehenden Schwächung der Handmuskulatur führen (verminderte  Kraft z.B. beim Schlüsseldrehen oder Öffnen von Drehverschlüssen). Die Schwächung bildet sich regelmäßig innerhalb von Wochen wieder zurück. Eine mögliche Nebenwirkung ist auch, dass bei Kopfschmerz-Patienten bei wiederholter Anwendung im Stirnbereich Kopfschmerzen seltener werden oder nicht mehr auftreten. Langfristige, unerwünschte Nebenwirkungen der Botulinumtoxin A Behandlung sind bisher nicht bekannt. Vergiftungen durch versehentliche Injektionen wurden ebenfalls noch nie beobachtet.